Kecamatan Rantau Pulung dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Kutai Timur Nomor 12 Tahun 2005 tentang Pembentukan Kecamatan Sangatta Selatan, Kecamatan Teluk Pandan, Kecamatan Rantau Pulung, Kecamatan Kaubun, Kecamatan Karangan, Kecamatan Batu Ampar dan Long Mesangat dalam wilayah Kabupaten Kutai Timur.
Kecamatan Rantau Pulung merupakan kecamatan pemekaran dari Kecamatan Sangatta berdiri pada tanggal 31 Oktober tahun 2005 dengan ibu kotanya terletak di desa Kebon Agung, dimana Kecamatan Rantau Pulung terdiri dari 9 ( Sembilan ) Desa yaitu :
- Pulung Sari
- Margomulyo
- Mukti Jaya
- Rantau Makmur
- Manunggal Jaya
- Tanjung Labu
- Kebon Agung
- Tepian Makmur
- Desa Masalap Raya
Desa Masalap Raya sendiri merupakan desa termuda yang baru saja dimekarkan berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Kutai Timur Nomor 12 Tahun 2011 tentang Pembentukan Desa Batu Timbau Ulu, Desa Manubar Dalam, Desa Susuk Tengah, Desa Keryanyan, Desa Teluk baru dan Desa Masalap Raya.
Secara geografis Kecamatan Rantau Pulung terletak pada kedudukan 117°10’00”BT – 171°50’00”BT dan 02°31’00” LS – 0°01’00”LU, atau pada titik koordinat N 00 ̊37’21.3” E 117 ̊17’16.9” dengan batas wilayah sebagai berikut :
